O levantamento mostra ainda que a Região Norte, onde o estado está inserido, possui 54,8 bolsistas por 100 mil habitantes, índice abaixo da média nacional de 85,79, evidenciando a menor presença de investimentos em pesquisa e formação científica na região.

A auditoria analisou a gestão da folha de pagamento de bolsas do CNPq, responsável por atender cerca de 150 mil bolsistas em todo o país e movimentar aproximadamente R$ 1,7 bilhão por ano. O relatório identificou fragilidades nos controles internos que podem gerar pagamentos indevidos estimados em até R$ 45 milhões anuais.

Entre as principais inconsistências estão pagamentos a bolsistas com vínculo empregatício ou participação societária em empresas, o acúmulo indevido de bolsas com benefícios de outros órgãos federais e estaduais, pagamentos a beneficiários já falecidos e falhas na verificação da matrícula ativa de estudantes, requisito obrigatório para manutenção das bolsas.

A CGU constatou que os mecanismos de controle do CNPq apresentam limitações, especialmente pela ausência de integração com bases de dados de outros órgãos, como CAPES, FNDE e fundações estaduais de amparo à pesquisa. Essa falta de interoperabilidade dificulta o cruzamento de informações e a detecção de irregularidades durante a vigência das bolsas.

O relatório detalha ainda a sobreposição de pagamentos, com bolsistas que receberam simultaneamente recursos do CNPq e de outros programas federais, como os vinculados ao FNDE, além de casos de acúmulo com bolsas da CAPES, contrariando normas que restringem esse tipo de recebimento, salvo exceções específicas. Também aponta que a maior parte das bolsas está concentrada em modalidades de formação inicial, como iniciação científica e iniciação científica júnior, que juntas representam mais da metade dos termos de concessão ativos.

A distribuição geográfica das bolsas revela forte concentração nas regiões Sudeste e Sul, com estados como Rio de Janeiro, São Paulo e Minas Gerais liderando em número de concessões. Em contraste, estados com menor estrutura científica, como os da Região Norte, entre eles o Acre, apresentam participação reduzida no total de bolsas, possivelmente em razão da capacidade institucional, número de projetos financiados e infraestrutura disponível para pesquisa.

O estudo foi realizado entre março e agosto de 2025, com base no cruzamento de dados de diferentes sistemas públicos, incluindo registros do próprio CNPq, CAPES, FNDE, Receita Federal e universidades federais. A análise concentrou-se no exercício de 2024 e teve como objetivo avaliar a adequação dos controles internos na concessão e pagamento das bolsas.

Ao final, a CGU recomenda aprimorar os mecanismos de controle, ampliando o compartilhamento de dados entre instituições, criando rotinas automatizadas para verificação de vínculos empregatícios e societários, integrando sistemas de registro de óbitos e adotando procedimentos mais rigorosos para comprovação de matrícula e acompanhamento da regularidade dos bolsistas.

Segundo o órgão de controle, as medidas visam aumentar a transparência, corrigir falhas operacionais e garantir maior eficiência na aplicação dos recursos públicos destinados ao fomento da ciência e tecnologia no Brasil.